SD Marsudirini II Bekasi pertama kali berdiri pada tahun 2019. Dimulai dengan tiga kelas dan jumlah siswa yang mencapai 89 orang. Di bawah koordinator
Sr. M. Agatha OSF dan di kepalai pertama kali oleh Ibu Yasinta Sunarti S.Pd.
SD Marsudirini II Bekasi pada awalnya merupakan pemekaran dari SD Marsudirini I. Dikarenakan peraturan pemerintah yang menganjurkan bahwa satu sekolah hanya memiliki maksimal empat rombel. Maka terbentuklah SD Marsudirini II Bekasi.
Namun, walaupun masih baru berdiri SD Marsudirini II Bekasi menawarkan kualitas terbaik kepada anak didik kami. Baik dari segi tenaga pedidik yang berkualitas, fasilitas yang mumpuni, dan sarana prasarana yang lengkap.
Gedung SD Marsudirini II sendiri berada pada lantai 2 dan masih menyatu dengan gedung SD Marsudirini I. Dilengkapi dengan gedung perpustakaan, UKS, toilet, gedung serbaguna dan lapangan olahraga.