SD Marsudirini II Bekasi tetap mengutamakan protokol kesehatan di lingkungan sekolah selama masa pandemi. Salah satunya yaitu dengan melakukan penyemprotan disinfektan secara rutin. Disinfektan merupakan proses dekonteminasi yang menghilangkan atau membunuh segala hal terkait mikroorganisme (baik virus dan bakteri) pada objek permukaan benda mati.
Agar penyemprotan berlangsung secara efektif, biasanya petugas yang melakukan proses penyemprotan harus mencuci tangan dengan bersih, menggunakan sarung tangan dan menggunakan pakaian khusus untuk melindungi tubuh.
Selain itu, di pintu masuk SD MARSUDIRINI II juga disediakan sabun dan tempat cuci tangan. Dan setiap guru serta karyawan yang bertugas di masa pandemi wajib memakai masker.